Na época 1999/2000 os clubes do Distrito de Évora presentes nos Campeonatos Nacionais de Futebol foram:
2ª Divisão "B"
- Juventude Sport Clube - Zona Sul - 20ºClassificado
3ª Divisão
- Lusitano Ginásio Clube - Série F - 2ºClassificado
- Estrela Futebol Clube Vendas Novas - Série F - 4ºClassificado
- Grupo União Sport Montemor - Série F - 14ºClassificado
- Grupo Desportivo de Portel - Série F - 17ºClassificado
