Na época 1998/99 os clubes do Distrito de Évora presentes nos Campeonatos Nacionais de Futebol foram:
2ª Divisão "B"
- Juventude Sport Clube - Zona Sul - 8ºClassificado
- Grupo União Sport Montemor - Zona Sul - 15ºClassificado
3ª Divisão
- "O Calipolense" Clube Desportivo Vila Viçosa - Série E - 17ºClassificado
- Estrela Futebol Clube Vendas Novas - Série F - 3ºClassificado
- Lusitano Ginásio Clube - Série F - 4ºClassificado
